As dificuldades persistiram por dois anos, havendo ainda uma paralisação dos funcionários em março de 1990. Em maio, o Hospital estava com dívidas em supermercados, padarias e outras empresas, não tendo mais sequer crédito para efetuar novas aquisições. Mas, apesar de todas as dificuldades financeiras, a instituição conseguiu, ao longo dos anos, ampliar suas instalações físicas.

Esforços conjuntos da Sociedade Caritativa Beneficente Ana Nery, do corpo clínico, funcionários, administração e Comunidade Evangélica contribuíram para a normalização da situação no decorrer de 1990, quando então assumiu o atual administrador do Hospital Ana Nery, Lídio Irineu Rauber. Em março de 1991 as finanças estavam sanadas, mas o hospital não possuía dinheiro em caixa.

Hoje, o Ana Nery está consolidado como um centro de referência, com profissionais qualificados, equipamentos de alta tecnologia e com serviços especializados nas mais diversas áreas da medicina. Mas sempre houve a preocupação em seguir os objetivos estipulados pela primeira diretoria da Sociedade, caracterizando o Hospital como uma instituição de caráter comunitário.

O Hospital vem crescendo, propiciando para toda a região um tratamento especializado. Prova disso são o aumento dos transplantes renais e de córnea, o início da captação múltipla de órgãos, a criação do Centro de Oncologia em 2000, do Centro de Terapia Intensiva (CTI) em 2001, de uma nova sala cirúrgica em 2002, da hemodinâmica e da ressonância magnética em 2005, de 12 novos leitos e do Centro de Radioterapia em 2007.