Com ênfase em cirurgia geral, o Centro Cirúrgico do Hospital Ana Nery realiza uma média de 500 procedimentos mensais em seis salas cirúrgicas, nas especialidades de cirurgia vascular, urológica, oncológica, otorrinolaringológica, oftalmológica, traumatológica, ginecológica, de obstetrícia, cirurgia plástica estética e reparadora. Além disso, realiza captação de órgãos, transplantes de córnea e de rim.